■申辦條件：在校期間曾修習全民國防教育軍事訓練課程且成績合格者。
■申辦方式
一、親自(或委託人)辦理
至學務處(A棟1F)門口利用「各項申請自動收費機」→輸入學號或身分證號碼→勾選「歷年成績單」乙份→至軍訓室驗證、核章。(若無法列印須至註冊組(A棟3F)申請)
二、郵寄方式
(一)將「兵役折抵申請表」(填寫完畢)、「回郵信封」、乙份成績單「申請費10元」【請以郵政匯票繳費(匯票抬頭務須註明「嘉藥學校財團法人嘉南藥理大學」)】→郵寄本校軍訓室代辦(地址：「717005臺南市仁德區二仁路一段60號」，收件人為「軍訓室」收)。本作業將於資料收到後即辦理並寄回申請人。
(二)「兵役折抵申請表」請下載檔案。
(三)若無檢附回郵信封、10元工本費，恕無法寄回。
■折抵天數換算
本校各學期全民國防教育軍事訓練課程共計18週(大學四、二技36小時；五專一學期18小時)，因配合國家募兵制實施，折抵天數（時數）以出生年次區分，折抵天數（時數）在計算上略有不同。說明如下：
一、94年1月1日以後出生之役男
(一)大學(四、二技)、五專後二年
修習全民國防教育軍事訓練合格者，每一門課可折抵4天(實際計算為4.5天小數點不計算，故實為4天)；二門課可折抵9天；三門課可折抵13天(實際計算為13.5天小數點不計算，故實為13天）；四門課可折抵18天，以此類推，最多可折抵30天。
(二)五專部前三年
1.修習全民國防教育軍事訓練上下學期合格者，含防衛動員實務共計48小時，得折減6天。
2.僅一個學期合格者，含防衛動員實務時數共計30小時，得折減3天(實際計算為3.75天小數點不計算，故實為3天）。
二、82至93年次期間出生之役男
修習全民國防教育軍事訓練合格者，每門課時數，得折減2天，最多可折抵10天。
■相關法規及規定(如附檔)
一、教育部;國防部;內政部民國113年1月25日臺教學（六）字第1122805908A號;國規委會字第1120351355號;台內訓字第1120059326號。
二、全民國防教育軍事訓練課程折減常備兵役現役役期與軍事訓練期間實施辦法修正條文。
三、教育部來文。